無塵凈化工程使用的木材的含水率不應大于16%，并且不得外露使用。由于無塵凈化氣次數大，并且一定要做好防腐防潮處理。
一般無塵凈化工程需用石膏板時必須用防水石膏板，而對于生物無塵凈化工程由于經常用水擦洗和用消毒液沖洗，即使防水石膏板也要受潮變形，不耐沖洗，所以規定生物無塵凈化工程不應采用石膏板作罩面材料。
不同無塵凈化工程在選擇室內裝修材料時還需考慮不同的個性需求。
無塵凈化工程通常都需頻繁擦拭，除了用水擦拭還會用消毒水、酒精、其他溶劑等擦拭，這些液體通常都有一定的化學品性，會使一些材料表面變色、脫落，這就要在裝修材料上面有一定的耐化學品性；無塵凈化工程如手術室為了殺菌的需要，通常會安裝三氧O3發生器，O3（即臭氧）是一種強氧化氣體，會加速環境中物體特別是金屬的氧化銹蝕，也會使一般涂層表面由于氧化而褪色，變色，所以此類無塵凈化工程要求其裝修材料有很好的耐氧化性，不會產生銹蝕。
